Ултразвук је ефикасно средство за разбијање ћелијских структура. Овај ефекат се може користити за екстракцију унутарћелијских материјала, нпр. Скроба из ћелијске матрице. Ултразвучење генерише наизменичне таласе високог притиска и ниског притиска у изложеној течности. Током циклуса ниског притиска, ултразвучни таласи стварају мале вакуумске мехуриће у течности који се насилно урушавају током циклуса високог притиска. Ова појава се назива кавитација. Имплозија кавитационог мехура узрокује јаке хидродинамичке силе смицања.
Смичне силе могу раставити влакнасти целулозни материјал у фине честице и сломити зидове ћелијске структуре. Ово ослобађа више течности унутарћелијског материјала, попут скроба или шећера. Поред тога, материјал ћелијског зида се разбија на ситне остатке.
Овај ефекат се може користити за ферментацију, варење и друге процесе конверзије органске материје. Након млевења и млевења, ултразвуком се ензимима који скроб претварају у шећере ставља на располагање већи део унутарћелијског материјала, нпр. Скроб, као и остаци ћелијског зида. Такође повећава површину изложену ензимима током течности или сахарификације. Ово обично повећава брзину и принос ферментације квасца и друге процесе конверзије, нпр. Да би се повећала производња етанола из биомасе.
